Vor- und Frühgeschichte
Spuren aus der Eiszeit belegen Knochen und Zähne von Mammuts. Vor 5.200 Jahren entstand erste nachgewiesene Siedlung auf dem Wannenberg. Steinbeilfunde aus der Jungsteinzeit bestätigen auch eine Ansiedlung im Tal.
Aus der Urnenfelderzeit, (vor etwa 3.000 Jahren), als auf dem Bürgstadter Berg der Ringwall entstand, sind viele Relikte erhalten, die in einer eigenen Vitrine ausgestellt sind. Sehr beeindruckend ist ein riesiges Vorratsgefäß, eine keltische Grabbeigabe, aus der Hallstattzeit.
Römer
Der Limes, der sich vom Rhein bis zur Donau erstreckte, wurde vom „Mainlimes“ unterbrochen. Hier bildete der Main eine natürliche, „nasse Grenze“. Diese verlief anfänglich von Seligenstadt bis Wörth, wurde aber bald bis Bürgstadt vor-getrieben. Hier stand das letzte Main-Kastell, von dem viele Funde eine eigene Ausstellung bilden. Direkt vor den Toren Bürgstadts knickte der Limes ab in den Odenwald, um bei Schwäbisch Gmünd auf den Rätischen Limes zu treffen.
Fränkische Zeit
Die Urzelle des Ortes Bürgstadt ist in der Martinsgasse zu suchen. Sie dürfte in spätmerowingischer Zeit (Ende des 7. Jahrhunderts) entstanden sein, was auch eine Grabbeigabe aus dieser Zeit belegt. Damals entstand auch die Ortskirche, (heutige Martinskapelle), als Eigenkirche des Centgrafen der „Cent Bürgstadt“, die hier einen regionalen Mittelpunkt und Gerichtsplatz darstellte.
Ottonische / Salische Zeit
Mitte des 10. Jahrhunderts wurde die Martinskapelle als steinerner Bau neu errichtet. 982 erhält der Mainzer Bischof als kaiserliche Schenkung die Stadt Aschaffenburg, von wo er sein Territorium in Richtung Süden ausweitete. Bürgstadt wurde neben Aschaffenburg zum wichtigsten mainzischen Stützpunkt. Es lag direkt an der „A3 des Mittelalters“, die über die Berge nach Tauberbischofsheim führte, wo Mainz großen Besitz hatte. In Bürgstadt baute der Dompropst – in unmittelbarer Nähe zur Ortskirche – seine Pfarrkirche, die etwa zwanzig Filialen versorgte.
Hochmittelalter
Die Stauferkaiser versuchten, besonders durch Burgenbau, die immer stärker um sich greifende weltliche Macht des Klerus einzudämmen. Auch der Vorläufer der Mildenburg war eine kaiserliche Zollburg, die den Verkehr auf dem Main und die in Bürgstadt auf den Main treffende Geleitstraße kontrollierte.
Eine Notsituation im Kaiserhaus nutzend, macht die Bischöfe im Jahr 1220 per Urkunde zu unumschränkten Landesherren. So konnte Mainz die Zollburg in ihren Besitz bringen und in ihren Mantelmauern die Stadt Miltenberg gründen, die bald zum neuen Mainzischen Verwaltungs-zentrum wurde. Dabei leitet Mainz die bisher durch Bürgstadt führende Geleitstraße auf die andere Erfseite um, die jetzt direkt durch die Mauern der neu gegründeten Stadt führt.
Bürgstadt hat in doppelter Hinsicht das Nachsehen und verschwindet in die Bedeutungslosigkeit. Lediglich der Sitz des Centgrafen blieb noch viele Jahrhunderte in Bürgstadt. Auch die Kirche von Miltenberg blieb noch lange der Oberpfarrei Bürgstadt unterstellt. Die 1347 ausgestellte Ablass-urkunde beweist noch die damalige Bedeutung dieser Pfarrei.
Neuzeit
Das Goldene Zeitalter Bürgstadts bricht an: Im 16. Jahrhundert ist der Ort mit seinen riesigen Weinlagen um das Sechsfache gewachsen. Das Kapital war der Wein. Mit diesem Geld wurde 1585 der Kirchturm aufgestockt und mit seiner markanten „Echter-Spitze“ versehen. 1590 wird das neue Rathaus gebaut und gleichzeitig noch die Martinskapelle erhöht und generalsaniert.
Aber bereits jetzt zeichnen sich die Auswirkungen der Kleinen Eiszeit ab: Eiskalte Winter, trockene Sommer und Dauerregen lösen sich ab und verderben den Wein. Ohne Wein kein Geld, ohne Geld kein Brot. Hunger macht anfällig gegen Krankheiten und Seuchen. Die Pest greift um sich. Schuldige werden gesucht und gefunden. Es kommt zu Hexen-Exzessen. Der 30-jährige Krieg erledigt den Rest. Der Ort wurde zeitweise unbewohnbar, die Weinberge sind verwüstet.
Nach dem Krieg macht der neue Pfarrer Herpf eine Eingabe ans Kommissariat, der Ort sei der ärmste und elendeste des ganzen Bistums Mainz. Erzbischof Johann Philipp von Schönborn schickt post-wendend eine Jahrmarktsurkunde, mit der Bürgstadt am Sonntag nach Martini einen „Kerbemarkt“ abhalten darf. Diese Urkunde rettet den Ort und noch heute dürfen die Bürgstadter dank dieser Urkunde ihre „Gänskerb“ feiern.